Bracia czescy przybyli do Prus Książęcych na przełomie 1548 i 1549 r. Osiedlili się przede wszystkim na Mazurach (Nidzica, Działdowo, Dąbrówno i Olsztynek) oraz na Powiślu (Kwidzyn, Gardeja). Znaleźli się jednak w dosyć trudnych warunkach bytowych, jak też religijnych. W znacznej bowiem mierze ograniczono im swobodę kultu, podporządkowując Kościołowi ewangelickiemu. Od około 1553 r. rozpoczął się powrotny ruch migracyjny członków Jednoty, który zakończył się pod koniec lat siedemdziesiątych. Zdecydowana większość braci powróciła do Czech lub Wielkopolski, tylko nieliczni ulegli asymilacji. Bracia czescy nie odegrali w Prusach Książęcych jakiejś poważniejszej roli, tak jak np. w Polsce, ale byli tutaj po prostu zbyt krótko. Czas wreszcie odpowiedzieć na pytanie o tolerancję religijną w Prusach Książęcych. Przypadek braci czeskich wskazuje, że jej właściwie nie było, a wręcz przeciwnie – można mówić o odwrotności tolerancji, mianowicie o próbie konfesjonalizacji augsbursko-luterańskiej Prus Książęcych. W pewnym uproszczeniu określenie „konfesjonalizacja” oznacza społeczeństwo i państwo jednego wyznania, wpływ religii nie tylko na życie duchowe, ale też na wszelkie przejawy życia społecznego, kulturalnego, a nawet politycznego. Zdaniem Janusza Małłka, z konsekwentną konfesjonalizacją luterańską w Prusach Książęcych mamy do czynienia przynajmniej do lat dwudziestych XV II w. Dopiero wówczas nastąpił odwrót – ale umiarkowany – od nietolerancji religijnej. Powyższe uwagi stanowią zaledwie wstępną próbę odpowiedzi na postawione w tytule pytanie, niewątpliwie wymaga ono znacznie bardziej pogłębionych badań.