Podupadły w wyniku reformacji klasztor dominikański w Elblągu został ostatecznie w 1542 r. przekazany radzie miasta. Aż do początków XVIII w. księgozbiór klasztorny pozostawał w swojej dawnej lokalizacji nad małym refektarzem. Książki z księgozbioru elbląskich dominikanów różnymi drogami trafiły do biblioteki gimnazjalnej, przekształconej w 1867 r. w Bibliotekę Miejską. Pierwszą partię książek przekazanych bibliotece stanowiły woluminy przejęte przez rektora gimnazjum w 1710 r. Druga partia to woluminy, które przed zburzeniem refektarza klasztornego w 1818 roku przeniesiono najpierw do biblioteki ratuszowej, a następnie około 1840 r. do biblioteki gimnazjalnej. Kolejna partia książek podominikańskich, to druki i rękopisy znalezione w kościele mariackim i przekazane do Biblioteki Miejskiej w 1863 r. Ostatnie relikty klasztornej książnicy przekazane do Biblioteki Miejskiej to część kolekcji kolekcjonera Jana Jakuba Conventa.