Do 1530 r. administrator dóbr wspólnych kapituły (Administrator bonorum communium Venerabilis Capituli Warmiensis) musiał łączyć nadzór nad dwoma komornictwami: olsztyńskim i melzackim. Funkcję tę Kopernik pełnił dwukrotnie, najpierw przez trzy lata: od 8 listopada 1516 do 8 listopada 1519 r., a następnie przez rok: od listopada 1520 do czerwca 1521 r. Administrator zarządzał kapitulnymi folwarkami, ściągał czynsze ze wsi, osadzał chłopów na opuszczonych gospodarstwach, a także dbał o funkcjonowanie zamku i jego obronność. Był też najwyższym sędzią i dowódcą obrony swojego okręgu. Administrator współdziałał ze starostą olsztyńskim, a w sprawach dotyczących wsi dobierał sobie kilku sołtysów pełniących jednocześnie w komornictwach funkcję ławników ziemskich (Landschöppen). W 1517 r. Kopernik opracował pierwszą wersję rozprawy na tematy ekonomiczne; są to spisane po łacinie Meditata, na bazie której powstał w 1519 r. w języku niemieckim memoriał skierowany do stanów Prus Królewskich – tzw. Traktat o monetach (Tractatus e monetis), wygłoszony w marcu 1522 r. Gdy w połowie października 1520 r. wojska Albrechta wtargnęły na obszar środkowej Warmii do dymisji podał się administrator kapitulny Jan Krapitz, a funkcję zarządcy komornictwa powierzono Mikołajowi Kopernikowi, który rozpoczął przygotowania do obrony miasta i olsztyńskiego zamku, organizując zakup broni i żywności. Po złożeniu urzędu administratora kapitulnego w początkach czerwca 1521 r. Kopernik występował z tytułem Komisarza Warmii „Warmiae commissarius” (20 VIII 1521), pełniąc tę ważną funkcję reprezentanta części kapitulnej w okresie rozejmu polsko-krzyżackiego.